Pocházel z lékařské rodiny. Jeho děd, lékař a gymnasiální profesor Josef Pečírka byl mimořádným členem Královské české společnosti nauk. Jaromír Pečírka byl synem lékaře a docenta Univerzity Karlovy MUDr. Ferdinanda Pečírky a Emilie rozené Dufkové, dcery ředitele továrny Kolben – Daněk. Jeho otec se kromě lékařské praxe aktivně věnoval kultuře a byl mj. zakládajícím členem Českého spolku pro komorní hudbu v Praze a dlouholetým členem družstva Národního a Vinohradského divadla. Jeho strýc Jaromír Pečírka st. byl lékař se širokými vědeckými zájmy, alpinista, armádní generál a sběratel umění. Jaromír Pečírka roku 1910 maturoval na Akademickém gymnáziu v Praze. Po otci zdědil lásku k hudbě a sám byl výborným klavíristou. V mládí byl literárně činný a psal povídky a básně . V letech 1910-1913 a 1914-1916 studoval na Filozofické fakultě Karlo-Ferdinandovy univerzity v Praze dějiny umění a klasickou archeologii . V letech 1913-1914 a 1917-1918 studoval u Maxe Dvořáka na vídeňské univerzitě a byl jedním z jeho posledních žáků. Rigorózní práci Studie k dějinám románské skulptury v Čechách a na Moravě obhájil roku 1916 na Filozofické fakultě v Praze. Za války pracoval jako asistent v Uměleckoprůmyslovém muzeu v Praze a v Centrální komisi pro ochranu památek ve Vídni , poté do roku 1920 jako koncipista Ministerstva školství a národní osvěty. Od roku 1919 do roku 1938 byl výtvarným kritikem Prager Presse. Od roku 1920 byl profesorem dějin umění na Uměleckoprůmyslové škole v Praze , roku 1937 se habilitoval pro obor všeobecných dějin umění na Univerzitě Karlově. Po válce byl profesorem Vysoké školy uměleckoprůmyslové v Praze . V letech 1948-1949 byl zároveň zástupcem Antonína Matějčka v Ústavu pro dějiny umění Filozofické fakulty Univerzity Karlovy a do roku 1951 zde přednášel. V letech 1963-1964 působil na FF UK jako externí pedagog. Byl kurátorem SVU Mánes, členem Archeologické komise při České akademii věd a umění, Kruhu pro pěstování dějin umění, v letech 1934-1942 členem kuratoria Moderní galerie, členem Společnosti Bedřicha Smetany. Od roku 1935 spolupracoval na Ottově slovníku naučném nové doby. Psal odborné statě do časopisů Umění, Výtvarná práce a Volné směry a články do časopisů a novin Kultura, Květy, Lidová demokracie, Prager Presse, Prager Rundschau, Svět v obrazech a Tvar. Zemřel 22. srpna 1966 v Praze, ve věku 75 let.