Román Skály je jeden ze tří románů (Psohlavci a Skaláci), v nichž Jirásek ještě před Temnem vylíčil jednotlivé úseky doby po Bílé hoře. I když Skály vznikly jako poslední z těchto tří románů, až po Psohlavcích a Skalácích v roce 1886, zachycují časově první z těchto tří úseků a to dobu bezprostředně po bitvě na Bílé hoře, dvacátá léta 17. století. Alois Jirásek si za dějiště tohoto románu vybral hrad Skály, samota v Orlických horách, vzadu za známými Teplickými skalami. Dílo Skály má podtitul „Několik výjevů z dějin samoty.“ Autor se nechal inspirovat pověstí o třech bratřích a o záhadném světle viděném na pustém hradě Bischofstejn (Skály) i o záhadném starci s bílým vousem a hradeckém kanovníku. Román Skály touto pověstí začíná. Osudy hrdinů se odehrávají od roku 1620 až přibližně do roku 1681. Do zámečku pod polorozbořeným hradem se nastěhovala šlechtická protestanská rodina Křineckých – pan Jan Albrecht Křinecký z Ronova s manželkou Beatou z rodu Bohdaneckých z Hodkova a s dvěma malými syny Janem a Adamem. Později se jim narodila dcera Johanka. S panem Křineckým žil na panském sídle i doktor Valentin Voborský, jehož rodinu stihla rána. 21. června 1621 byl jeho otec Valentin Kochan z Prachové mezi 27 pány, kteří byli na Staroměstském náměstí popraveni. Hrad Skály byly úkrytem Výborského, jeho přítele kněze Ulického a jeho sestry Evy. Byla těžká doba. Byla zakázána protestantská víra. Skály byly jediné místo, kde mohl kněz Matyáš Ulický kázat lidem kališnickou víru. Odtud chodili Voborský a Ulický tajně na výzvědy a připravovali selské povstání. Spoléhali na pomoc Mansfeldova a Betlenov vojska. Spojení s vojskem se však nepodařilo, povstání bylo krvavě potlačeno a kněz Ulický byl popraven. Na konci července roku 1627 byl vydán mandát Ferdinanda II.., ve kterém bylo napsáno, že i šlechta musí přestoupit na katolickou víru. Paní Křinecká se rozhodla, že s dětmi emigruje (Pan Křinecký nedávno zemřel). Doktor Voborský si koupil potvrzení o tom, že je katolík, ale za šest let musel také odejít do emigrace. Měl s sebou v té době asi dvouletého syna Valentýna (jeho žena Eva zemřela). Ze zámečku utekl tajnou chodbou na hrad Skály a odtud do ciziny. Po devíti letech, asi v roce 1641, se vrací doktor Voborský se synem z emigrace na panské sídlo do Skal. Přijíždějí s ním i rodina Křineckých. Synové paní Křinecké, Jan a Adam, se dali do služeb švédského vojska, aby se mohli všichni vrátit do Čech. Voborský na Skalách moc nepobyl, protože byl u švédského pluku a chodil na výzvědy. Doktor se rozhodl, že vezme Valentýna ze Skal k sobě, aby ho měl na blízku a sám ho učil kališnické víře. Při odjezdu ze skal Valentýna unesli Chorvati. Jeho otec ho hledal po celých Čechách, ale nenašel ho. Zanedlouho poté musela rodina Křineckých znovu do emigrace. Svoje panství musela prodat. Nyní zde bydlel hradecký biskup. Lidé na jeho panství ve skalách si mysleli, že na starém hradu Skály sídlí temné síly, protože na hradě občas zazářilo světlo. Bylo to již po Třicetileté válce. Šedesát let po Bělohorské bitvě povstali proti vrchnosti sedláci. V čele tohoto povstání stál starý učený muž – Voborský. Tou dobou pospíchal na skalské panství hradecký kanovník, aby upokojil selské povstání. Jeden mnich v hospodě mu řekl, ať na Skály vůbec nechodí, že je tam povstání nejhorší a také, že na starém hradu straší, ale kněz se na zámeček přesto vydal a šel i do hradu Skály. Zde se potkal s Voborským. Hradecký kanovník po rozhovoru se starým mužem pochopil, že je jeho otec a on sám dlouho hledaný syn Valentýn. A tak se setkal otec se synem. Alois Jirásek velice dobře popsal obraz doby, kterou chce dnešnímu čtenáři ukázat a objasnit.