Pôsobil na Katedre klasickej a semitskej filológie. Vo vedeckej práci sa najskôr venoval arabskej autobiografickej literatúre, neskôr výskumu arabskej ľudovej literatúry – náboženskej a svetskej. Monografickými prácami a štúdiami inicioval vznik novej arabistickej disciplíny: Arabská ľudová stredoveká náboženská literatúra. Jeho vedecké práce zhodnotili a citujú poprední zahraniční odborníci. Štvrťstoročná práca - Kompletný preklad Tisíc a jedna noc Najznámejší slovenský arabista Ján Pauliny pracoval na prekladoch kompletnej série 7 zväzkov dlhých 25 rokov. Táto slávna zbierka vyšla vo svete v takomto kompletnom vydaní s poznámkovým aparátom iba v niekoľkých krajinách! Ján Pauliny na podnet vydavateľstva Ikar začal s dokončovaním kompletnej série 7 zväzkov v roku 2005, kedy vypracoval aj finálny poznámkový aparát. Pôvodne plánovaných 6 zväzkov sa napokon zmenilo na 7 zväzkov. „Povedal som si, že sa patrí, aby Tisíc a jedna noc vyšla aj v slovenčine taká, aká je, celá, bez adaptačných zásahov, bez splošťovania jej reliéfu. Tisíc a jedna noc je imaginácia zhmotnená v slove. Je to filigrán, jemná pavučinková sieť, do ktorej Šahrazád ulovila každú zázračnú rybku, čarovnú lampu i prsteň a všetky pravdivé i vymyslené príbehy,“ vyznáva sa Ján Pauliny. Zbierke ste zasvätili kus života, celých 25 rokov... „Keby som nebol poprechodil aspoň sto ulíc v Káhire, Tunise, Marrákuši, Feze i v Jeruzaleme, nesedel v sto kaviarňach, nedýchal sto vôní a smradov, nepočul spievať Korán zo sto minaretov, neučil sa po arabsky zo sto kníh, a napokon neurobil takýchto robôt tisíc a jeden, nikdy by som preklad nebol začal a dokončil...“ Majú príbehy Tisíc a jednej noci čo povedať aj súčasnému človeku? „Sú to večné príbehy o láske, ľudskom šťastí i nešťastí, o bohatstve a biede. Odborníci si často kladú otázku, prečo práve v Európe mala Tisíc a jedna noc taký ohlas a práve vďaka Európanom je dnes už klasickým dielom svetovej literatúry. Možno preto, že orientálna rozprávka otvorila pred euró...